Thomas Guggeis wurde in Dachau geboren und wuchs in Straubing auf. Nach dem Abitur am Straubinger Anton-Bruckner-Gymnasium studierte er in München zeitgleich Physik und Dirigieren, machte seinen Bachelor in der Quantenphysik. Über sein musikalisches Erbpotential meinte er: "Meine Familie ist an sich völlig unmusikalisch. Mein Vater ist Brauereidirektor, meine Mutter Steuerfachangestellte. Der einzige Musiker in meiner Familie war mein Onkel Edgar Guggeis, der im Avantgarde-Schlagwerk eine Koryphäe war. Er war auch Solo-Pauker unter Sergiu Celibidache bei den Münchner Philharmonikern."

Im Jahre 2014 erhielt er zusammen mit der Fotografin Franziska Schrödinger im Historischen Rathaussaal in Straubing den Kulturpreis der "Dr. Franz und Astrid Ritter-Stiftung und der Stadt Straubing" für herausragenden Leistungen.

Seit der Spielzeit 2016/17 ist er als Assistent von Daniel Barenboim am Haus Unter den Linden engagiert, begleitet in dieser Funktion den Generalmusikdirektor bei seinen Produktionen und assistiert anderen namhaften Dirigenten wie etwa Zubin Mehta, Simone Young und Antonio Pappano.

Im März 2018 wurde er fünf Stunden vor der Generalprobe angerufen, ob er kurzfristig bei der Premiere von Richard Strauss' "Salome" an der Staatsoper Unter den Linden einspringen könne. Nach Überwindung eines kurzen Schockzustandes habe er schnell zugesagt. Zum Einspringen kam es, weil Christoph von Dohnányi (88) kurzfristig hinwarf. Offiziell wurden "künstlerische Differenzen" mit dem Berliner Skandalregisseur Hans Neuenfels (76) genannt. Die Berliner Morgenpost schrieb von einer "umjubelten Premiere" des jungen Dirigenten.

Die "Salome" des jungen Einspringers fand internationale Aufmerksamkeit. Neben Angeboten habe er "viele liebe Nachrichten bekommen", sagt Guggeis. "Und Daniel Barenboim hat mit mir über die Zukunft nachgedacht. Auch wenn ich jetzt nach Stuttgart gehe, werde ich der Staatsoper verbunden bleiben. Ich bin ihm wahnsinnig dankbar dafür." Im Sommer endet seine zweijährige Assistenz bei Barenboim an der Staatsoper, dann steigt Guggeis zum Kapell­meister an der Stuttgarter Oper auf. Das mit Stuttgart sei seit einem halben Jahr bekannt, sagt er, es habe bisher nur niemanden interessiert. Den Wechsel habe er in enger Abstimmung mit Daniel Barenboim entschieden. "Ich würde so eine Entscheidung nicht ohne ihn treffen."

Am 7. Mai 2021 stand in der Staatsoper Unter den Linden - in der Hoffnung auf ein Ende des Corona-Lockdowns - SALOME auf dem Spielplan - musikalische Leitung: Thomas Guggeis.

Im Oktober 2021 wurde bekanntgegeben, dass Guggeis als Nachfolger von Sebastian Weigle als designierter Generalmusikdirektor der Oper Frankfurt gewählt ist. Das Amt hat er zu Beginn der Spielzeit 2023/24 angetreten. Die Amtszeit beträgt zunächst fünf Jahre.

 Links: Kulturpreisträger -  ARSIS - Oper Stuttgart - Staatsoper Unter den Linden