Im Friedhofsareal erheben sich auf engem geschlossenem Raum neben der Basilika drei funktionell und architektonisch unterschiedliche gotische Kapellen.
Der doppelgeschossige alte Karner mit Beinhaus und Kapelle Unserer Lieben Frau ist eine typische Anlage der Zeit um 1300. Die Agnes-Bernauer-Kapelle besitzt als Gedenkbau für die 1435 im Auftrag Herzog Ernsts I. in Straubing ertränkte, unebenbürtige Gattin Herzog Albrechts III. einen außergewöhnlichen historischen Wert als „Staatskapelle“. Sie birgt eine Fülle von qualitätvollen Grabdenkmälern des 15. bis 17. Jahrhunderts. Herausragend ist der Epitaph für Agnes Bernauer mit einer beeindruckenden Darstellung der Verstorbenen. Die Toten- oder Seelenkapelle, der ehemalige Karner von 1486, beherbergt einen Totentanzzyklus von 1763, der in Rokokoformen noch in der großen und europaweiten Tradition des mittelalterlichen Totentanzes steht und die Jahrhunderte lange Entwicklung der Totentänze monumental abschließt.
Die Grabdenkmäler im Friedhof St. Peter
Unter den über 1000 Grabdenkmälern des Friedhofensembles, die aus sieben Jahrhunderten stammen, finden sich viele spätgotische und neuzeitliche Epitaphien aus Rotmarmor, Kalk – und Sandsteinen mit heraldischen und figürlichen Darstellungen. Der Friedhof ist nicht zuletzt wegen seines reichen Bestandes an schmiedeeisernen Grabkreuzen vom 17. bis 19. Jahrhundertweithin bekannt. Historismus und Neugotik dokumentieren sich in zum Teil monumentalen Steindenkmälern. Meterhohe vier – bis achtkantige Säulen mit Kreuzblume oder Figuren, Steine mit Spitzbogen – oder Baldachinarchitekturen, einfachere Stücke mit Maßwerkverzierungen, Halbsäulen, Wimpergen und Krabben bilden eine beachtliche Gruppe an diesem Ort der Ruhe und Beschaulichkeit, in dem sich Kultur und Natur in außergewöhnlicher Weise verbinden.